Efter att ha bosatt sig i Green Hills är Sonic ivrig att bevisa att han har det som krävs för att bli en sann hjälte. Hans chans kommer när doktor Robotnik återvänder, denna gång med en ny partner, Knuckles, på jakt efter en smaragd som har kraften att förgöra civilisationer. Sonic slår sig ihop med sin egen sidekick, Tails, och tillsammans ger de sig ut på en världsomspännande resa för att hitta smaragden innan den hamnar i orätta händer.