Baserad på ledande vetenskapliga undersökningar utforskar MONGOL de dramatiska åren då härskaren föddes som den lille pojken Temugin år 1162. Filmen följer sedan Temugin från tidig barndom till slaget som gjorde honom till den store erövraren. Den ger ett mångfasetterat porträtt av den blivande härskaren och visar att han inte var ondskan personifierad utan en inspirerande, modig och visionär ledare. Mongol visar oss på skapandet av en extraordinär man och på vilken grund hans storhet vilade: relationen till sin fru, Borte, hans livslånga kärlek och viktigaste rådgivare.