Harry, Ron och Hermonie, som nu blivit tonåringar, återvänder till sitt tredje år på Hogwarts där de tvingas möta den förrymda fången Sirius Black som utgör ett stort hot mot Harry. Harry och hans vänner lär sig även under sitt tredje år att hantera Hippogriffer (till hälften hästar och till hälften örnar) driva tillbaka föränderliga Boggartar som byter skepnad och bemästra spådomskonsten. De besöker även trollkarlsbyn Hogsmeade och spökande huset som är den mest hemsökta huset i landet. Utöver dessa nya erfarenheter måste Harry övervinna hotet från de själasugande Dementorerna, överlista en farlig varulv och till sist hantera sanningen om Sirius Black och hans förhållande till Harry och Harrys föräldrar.